支払調書の内書き

今年の確定申告で初めて経験したんですが、国税還付金振込通知書が届いて確認したら、金額が一桁少なくてビビりました。
慌てて税務署に確認してみたら、支払調書に内書きがあるので、その分は保留にしてありますとのこと。
確認してみたら、1社の支払調書に源泉徴収額が内書き（支払サイトの都合上、納付されていない源泉徴収税額）として記載されていました。
「源泉徴収税額の納付届出書」を税務署に提出すれば、保留している分も処理するということなので、速攻で提出。
いや、それならそれで通知してよ、と思うんですが「内書きがあるんだから、わかるだろJK」ということらしいです(´・ω・｀)。